不同菌种和菌种质量对灰树花的产量和质量有决定性的作用。有的菌种质量低劣，甚至干脆就不出子实体。因此一定要选用经生产验证，抗逆性强，生长快，产量高的优良菌种。无论是引进的或自己分离的菌种，在大规模扩接前都应进行出菇试验。

灰树花母种适宜的培养基为PDA综合培养基和麸皮培养基，也可用谷粒培养基，按常规方法制作。这三种培养基可用于灰树花母种的分离和转扩，分离部位以灰树花菌盖与菌柄连接处的内部菌肉为佳。选择待分离株应是品系中分化好的健壮株，分离和转扩均在无菌操作下进行。制作灰树花原种的常用培养基配方有：

(1)栗木屑80%、麦麸皮8%、石膏和糖各1%、沙壤土或壤土10%。

(2)棉籽皮80%、麸皮8%、石膏和糖各1%、沙壤土或壤土10%。

培养基配水拌匀，含水量60%，拌好后装瓶、灭菌、接种，在25～26℃培养，30天左右即可满瓶。经质量检查，菌丝粗壮，无杂菌污染方可使用。